却说刑部尚书皂保仲是个旗人，但官声很不错，办案能体察入微；他有一个习惯，对案中任何疑点都要仔细调查，决不能马虎，所以各省申详的案件，总要咨回复审的多，批准原判的少。大家因他姓皂，皂者，黑也，把他比作黑炭头包龙头（北宋仁宗时期宰相），而他也确实能做到铁面无私。辅佐他的如侍郎夏子松等也都是清正能吏，因此当时的刑部衙门虽未能说是狱无冤滥，至少也是弊绝风清。杨乃武案虽经三次复审，均照原判定案，但刑部初步查核，就发觉案中疑窦重重，漏洞很多，等到案犯解到刑部，要证钱宝生猝然病死，更暴露了此案内幕必有暧昧。皂保仲亲自调阅了全案卷宗，查核了初审验尸定案经过，复核了杨詹氏的诉呈，杨乃武、葛毕氏、葛喻氏在刑部的供词，把案中主要症结归纳为三点：第一是余杭县令刘锡彬父子嫌疑重大，可能冤情是他们一手造成的；第二是药肆店主钱宝生必系伪证，实无买卖砒毒情事
    ，故各审均不令与杨乃武对质；第三是余杭县仵作验尸草率，似有受贿舞憋情事。他办案素来谨慎，在案情未查清以前，即使是嫌疑重大的人，也不随便提审。所以先咨浙抚密拿余杭跟丁姜位隆到案……
    《申报》于五月初十日刊载宫门抄：“浙抚杨昌浚具奏：‘杨乃武案人证姜位隆拿获解刑部。’”但刑部提审已是闰五月十七日。姜位隆供出刘衙内在城隍庙前遇见小白菜，用银锭向她勾引，被她拒绝，命她在后钉梢，见她走进杨乃武住宅心怀不平。后来葛家迁住澄清巷，葛云飞暴死，刘衙内送银元宝给葛喻氏，教唆她具状投具请求验尸，所供与小白菜及葛喻氏的供词完全相同。还供出刘衙内叫陈竹山代葛喻氏作状买嘱仵作沈详在验尸时务必证明死者确系中毒等情节……
    皂保仲披阅了承审官吏问出的姜位隆供词，正证实了他先前对初审验尸草率仵作似曾受贿舞弊的怀疑，明白了幕后主使人是刘锡彬的儿子，联想到案中要证钱宝生何以恰好在刑部提审时猝然病死，是否也是刘锡彬怕翻案受遣派差役下毒手？于是刘锡彬父子在他心目中成了主要的嫌疑犯，但审慎起见，他仍旧声色不露，只行文浙抚提余杭县仵作沈详及爱仁堂药铺伙计到案备质。
    《申报》于七月初八日发表余杭案要证解京城消息，略谓：“馀杭葛毕氏一案，刑部咨浙抚提初验仵作一名，药铺伙友一名解刑部备质，已由杭州府点解过堂，即日北上。”
    有两个人看了这条消息暗暗心惊肉跳，一个是奉旨复审此案的浙江提督学政胡瑞澜，因为钱宝生的猝死全是他私下做的手脚，目的在使此案死无对证，翻不过来。但他还自宽自慰蒙侥幸过关：据朱春恒报告，钱宝生死时店里伙计在外采办药材，并不在店，即使提解到案也未必会审问出什么结果；还有一个是余杭县令刘锡彬，他做贼心虚，听说提仵作沈详，就好比当头挨了一棒，因为验尸草率，当时便有衙役沈彩泉提出疑问，为此不惜特别优礼钱宝生，要他出作伪证，现在钱宝生虽死，但如刑部开棺重验，很可能验出不是中了砒毒，案子翻了过来，难免要受处分。他这时正陷在极度悲痛之中，原来他儿子刘子翰的尸体已由渔人打捞起来，经当地保认出，前来报告，他一方面抱丧子之痛，一方面又有丢官之忧，两面夹攻，真所从前作过造孽事，霉兴一齐来了……
    刑部于七月十五日提审杨乃武案人证，皂保仲亲自坐堂，首诉药店伙计胡庆善，据供系钱宝生到省城复审时，店务无人照顾，由县里刑名师爷章伦香介绍进店，对以前的事一概不知。店主钱宝生死时，他正在外地采购药材，不明死因，但据老板娘说，曾有公差模样的人来店，出示传票，说案子已交刑部，要店主到京候审；后来两人一同喝酒，当夜店主即肚泻毙命，公差也不别而行，不知是何处官府派来。皂保仲细详供词，排除了对刘锡彬的怀疑，因为药铺伙计既然是刘锡彬刑幕所荐，如要弄死钱宝生，尽可假手店伙，不必另派公差。其次涉嫌的是浙省抚杨昌浚，但他既然奉旨提集全案人证，似不会把案中要证弄死，以致无从复旨。于是剩下来的可疑人物，就只有奉旨的浙省提学胡瑞澜了。继讯仵作沈详，起初只供称验尸草率，不承认有受贿舞弊情事，后来提姜位隆和他对质，才低头认罪，承认受刘衙内买嘱，验尸时先存中毒主见，未秉公验报，指甲各呈灰暗，便报称甲色青黑；死者口鼻流出血水，原是人死后尸体开始腐烂时的常有现象，却报称七窍流血；银针探喉，针尖略呈现灰黑，未照规定拭净再验，便报称死者确系中毒而死。本来打算在尸体上填写中了砒毒，因衙役沈彩泉驳问，才只含糊填写中毒了事……