察哈尔林丹汗势力庞大，在他执政前期，林丹汗直接控制内喀尔喀巴林、札鲁特、巴岳特、乌齐叶特、弘吉剌特等五部；同时林丹汗还遥控这蒙古其余众部，成为名副其实的全蒙古的大汗。
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    不过在万历四十六年，林丹汗26岁的时候，藏传佛教中的宁瑪派也就是红教喇嘛沙尔巴呼图克图到察哈尔部寻求支持，而林丹汗折服与沙尔巴呼图克图的法术，于是在察汉浩特隆重的接待了尔巴呼图克图。
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    随即，林丹汗册封尔巴呼图克图为国师，并接受深奥密乘之灌顶。巴呼图克图为了进一步的取得林丹汗的信任，从五台山取来元世祖时红教八思巴喇嘛用千金所铸嘛哈噶喇金佛，而林丹汗为了迎接金佛，特意修建一座金顶白庙，并将金佛供于其中。
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    事情到这里问题就出来，林丹汗在继承汗位之初是信奉藏传佛教中的格鲁派的，也就是黄教。林丹汗突然改信红教，这就引起了信奉黄教的漠被喀尔喀部以及右翼三万户的不满。
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    就在蒙古诸部因为红教和黄教之争的时候，后金渐渐的兴起了。后金为了联络蒙古共同对抗明朝，开始拉拢内喀尔喀一些部落。而后金这种动作引起了林丹汗的警觉，林丹汗严厉的指责右翼三万户大臣锡尔呼纳克杜棱洪台吉管束不得力，并且要对右翼三万户采取一些措施。
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    林丹汗在改信红教的时候就引起了诸多蒙古部落的不满，这时林丹汗要问罪右翼三万户以及内喀尔喀的时候，右翼三万户以及内喀尔喀一些台吉就公然的投靠了后金，蒙古诸部开始分裂。
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    皇太极即位之后，他继续拉拢右翼三万户以及内喀尔喀诸部，并兴兵对抗察哈尔蒙古。虽然察哈尔蒙古在与后金的交锋中败北了，但察哈尔蒙古势力尚存，在漠南还有许多蒙古部落效忠于林丹汗。
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    而当时明王朝面临的情况是：在东北，后金在不断的积蓄力量，准备在次进攻明朝；在西北，持续的旱灾使得各地暴动不断，朝廷只得部署大兵来弹压；在西南，四川土司奢崇明和贵州土司安邦彦叛乱还在继续；在东南，西方殖民者时不时的骚扰东南沿海。
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    眼下的朝廷可以说是多事之秋，如果在这个时候在树一个强敌，那是十分不明智的，于是朝廷里的一些大臣主张和察哈尔蒙古妥协，至少先把察哈尔蒙古安抚住，等朝廷腾出手来在和察哈尔蒙古算帐。
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    当然这一主张引起了很大一部分的朝臣的不满，俗话说：不蒸馒头争口气。朝廷如果在察哈尔蒙古的威逼之下退让的话，朝廷的脸面何在，尊严何在？所以坚决不能让步，如果察哈尔蒙古要是非要打的话，那朝廷就是砸锅卖铁也要和察哈尔干上一场。
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    朝廷上议论汹汹，再加上东林与温体仁等反对派的论战，一时间朝廷上火药味十足，大有不是西风压倒东风，就是东风压倒西风之势。
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    远在热河的钱士升也吃不足劲了，向明朝投降的大都是右翼三万户中的一些部落，此时林丹汗大举兴兵，而朝廷的态度不明，让这些蒙古部长、台吉感觉十分的不安，他们生怕朝廷会放弃他们。
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    不安的气氛弥漫在热河的上空，因为不明朝廷的态度，虽然钱士升极力的安抚这些蒙古部众，不过效果不是很好，甚至钱士升还发现一些归附的蒙古部落竟然开始和后金进行联络。
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    钱士升知道事情严重了，由于朝廷名优明确的表态，造成归附的蒙古部落人心浮动，如果朝廷在采取措施的话，后果不堪设想。于是钱士升立即写奏章向朝廷奏报热河的情况，钱士升还写了一份密折，不仅向崇祯皇帝详细的汇报了热河的情况，还向崇祯皇帝进言，说朝廷坚决不能向察哈尔屈服，否则的话以后谁还会归附朝廷啊。
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    就在朝廷进行激烈的辩论的时候，崇祯皇帝也在思考，就眼下的这种状况，是否和察哈尔撕破脸皮。当然那些归附的蒙古部落朝廷是根本就可能放弃的，那可是不可多得的优良骑兵啊。
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    再说，朝廷的目的是收服整个蒙古，当然不能向察哈尔妥协，否则就像钱士升所说的，以后谁来归附啊。还有，归附朝廷的是右翼三万户中的一些部落，他们信奉的是黄教，而黄教可是在青藏和喀尔喀很有影响力的，保住了归附的蒙古部落，对于朝廷以后对青藏和喀尔喀施加影响力是大有益处的。
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    不过话又说回来，朝廷和察哈尔蒙古交恶，这不是让后金得了一个便宜吗。所以现在要做的是既不能和察哈尔开战，又不能放弃那些归附的蒙古部落。很难，不过不是没有办法。
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    崇祯皇帝召集内阁开会以后，就立即给热河发了一道圣旨，行人司以最快的速度将圣旨交到了钱士升的手上。钱士升接到圣旨以后，他的心终于放下来了。圣旨上说，归附朝廷的蒙古各部部长、台吉，已然接受朝廷的册封，朝廷断然没有弃之不顾的道理。
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    有了朝廷的圣旨就好办多了，钱士升立即召集归附的那些蒙古官员开会，并将朝廷的圣旨展示给他们看。这帮子蒙古台吉、部长看到朝廷的圣旨以后，都赶忙对着紫禁城的方向形三跪九叩的大礼，并向钱士升表示，今后绝对效忠朝廷，绝无二心。钱士升对这些蒙古官员的态度很满意，连连表示朝廷对他们的问候。
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    热河的问题解决完了，该是解决察哈尔蒙古的时候了。既然察哈尔在边境地区集结大军，朝廷也不能示弱。朝廷在向宣大调集兵马的同时，派了一名礼部的官员到宣大前线去与林丹汗谈判。
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    派去谈判的这名官员原先只是一个四品官，但是因为要与林丹汗谈判，不能让一个四品官去谈啊，于是吏部紧急将这名官员提拔到正三品。
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    其实林丹汗也不想和明朝大打一场，林丹汗他清楚的知道，他眼下最大的敌人是后金的皇太极。当林丹汗想到有多少内喀尔喀和右翼三万户的部属向后金投靠以后，他恨不得将皇太极以及那些背信弃义的部落首领全都杀了泄愤。
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    这回在明朝边界集结兵马，一是向明朝方面示威，林丹汗想要告诉明朝方面，在草原上，谁是老大；二是漠南这些年遭遇到春旱，察哈尔部损失了很多的牛羊，部民的日子也是很不好过，虽然和明朝进行了“马市”，但是杯水车薪，这回一定要弄到足够的物资来，否则，部民还得都跑了。
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    林丹汗听到明朝方面派出使者要与自己谈判后，他也牌是一名使者，双方在边界的一个城堡展开了谈判。
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    双方商谈了半个月，最后的结果是林丹汗撤兵，并承诺不在进犯明朝边界；相应的，明朝每年付给林丹汗银十四万两、金八万两，还有大量俄布匹、茶叶、米谷等物资。双方达成协议以后，林丹汗撤兵北去。